heard'emsay

反省してます

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bam_header_read EOF marker is absent. The input is probably truncated.

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これも海外から見る人が多そうなので英語も書いておこう。 $ samtools index foo.sorted.bam [bam_header_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). Segmentat…

picard/MarkDuplicatesはオプションの書式が少々違ってもエラーを返さない。

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いろいろ不審な点がある。 raw after MarkDuplicates After samtools -F 12 total 199260064 + 0 199260064 + 0 168640351 + 0 duplicates 0 + 0 8801525 + 0 4705460 + 0 mapped 177408978 + 0 (89.03%:-nan%) 177408978 + 0 (89.03%:-nan%) 168640351 + 0 …

.sam fileのoption タグ

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XTはUniquely mappedかRepeatedly mappedかMate rescued(repeatedだけどpairがUnique)か。 NMはEdit distanceで、SNVやIn/Delの入った数。 XMはNMのうちSNVのみ数えたものだと思うが、細かいところはまだよくわからない。 MDは変異の入った位置を示す。 MD:Z…

fastqcでエラー

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Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.Sequence.FastQFile at java.lang.Class.initializeClass(libgcj.so.7rh) at uk.ac.bbsrc.babraham.FastQC.Sequence.SequenceFactory.getSequenceFile(SequenceFac…

fastx_toolsのインストールでハマった話

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いや、これ見りゃいいだけなんだけどさ。 // Tell pkg-config to look for libraries in /usr/local/lib, too. $ export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/install_centos.txt という2行…

SAMファイルの中身を覗いてみたのでメモ

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この辺http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdfを参考にしつつ。 まずヘッダ @SQ SN:gi|49175990|ref|NC_000913.2| LN:4639675 @PG ID:bwa PN:bwa VN:0.6.1-r104 @SQはリファレンス配列についての情報。名前と長さ。 @PGはマッピングしたプログラムについ…