とりあえずigvビルドしなおしています。追記：インストラクターさんに教えてもらって解決しました。症状としては、マッピング済みのbamファイルをIGVで見ようとするとリファレンスの配列以外何も見えない。というものです。対策としては、リファレンスの配列…

これを参考に。詳細はまた後で。追記:こっちの方が参考になる。

この辺http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdfを参考にしつつ。 まずヘッダ @SQ SN:gi|49175990|ref|NC_000913.2| LN:4639675 @PG ID:bwa PN:bwa VN:0.6.1-r104 @SQはリファレンス配列についての情報。名前と長さ。 @PGはマッピングしたプログラムについ…

なんか家帰ったらもろもろうまくできた（笑） - heard'emsay fail to open file 'foo.fna.nt.ann'. Abort! - heard'emsayこの両者の違いってalnのときに-fオプションつけるかリダイレクトするかだけなのでソースの-fオプションの周辺読めば何かわかるかもし…