fastx インストール中に困ったことなど

pipe_fitter.c: In function ‘pipe_close’:
pipe_fitter.c:30:6: error: variable "i" set but not used [-Werror=unused-but-set-variable]

Makefile を見ると-Wunused(使われない変数があったら警告を出す)と-Werror(警告があったらエラーを出す)が両方立っているので、片方を消せば通る。ただ、Makefileはconfigureで生成されているのでconfigureから直すこと。

fastx_uncollapser.cpp:31:39: Fatal error: gtextutils/stream_wrapper.h: No such file or directory

fastx toolkit はlibgtextutilsを必要としているから、fastxのサイトにはlibgtextutilsもおいてあるのだけれど、それだけでは足りないみたい。上記stream_wrapper.hというのはlibgtextutils-develの中にあるらしく、それを落としてくれば良い。ただ、パッケージ管理ソフト使える人ならそっちの方が早いよ。

# yum install libgtextutils-devel

あとはインストール先を確認して、PKG_CONFIG_PATHに指定してやれば良い。

$ rpm -ql libgtextutils-devel
/usr/include/gtextutils
/usr/include/gtextutils/gtextutils
/usr/include/gtextutils/gtextutils/container_join.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/exit_manip.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/inbuf1.hpp
/usr/include/gtextutils/gtextutils/natsort.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/outbuf3.hpp
/usr/include/gtextutils/gtextutils/pipe_fitter.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/stream_wrapper.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/string_tokenize.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/strnatcmp.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/text_line_reader.h
/usr/include/gtextutils/gtextutils/tuple_parser.h
/usr/lib64/libgtextutils.so
/usr/lib64/pkgconfig/gtextutils.pc

$export PKG_CONFIG_PATH=/usr/include/gtextutils/gtextutils/:/usr/include/gtextutils/

参考にさせていただいた記事：cygwinでfastx toolkitをインストール - バイオ系研究室PC管理担当のメモ
http://d.hatena.ne.jp/hornistyf/20120401/1333273058