XTはUniquely mappedかRepeatedly mappedかMate rescued(repeatedだけどpairがUnique)か。 NMはEdit distanceで、SNVやIn/Delの入った数。 XMはNMのうちSNVのみ数えたものだと思うが、細かいところはまだよくわからない。 MDは変異の入った位置を示す。 MD:Z…

S Smith-Waterman アルゴリズムでは、リードを最初から最後までアラインメントするわけじゃない。 両端が切れたものがアラインされることもある。そんなときにはCIGAR string "S" でタグづけするのさ。（のさ？） In Smith-Waterman alignment, a sequence m…