BWTSaveBwtCodeAndOcc(): Cannot open BWT code file!

$ bwa index -a bwtsw /home/genome/NC_000913.fna
[bwa_index] Pack FASTA... 0.05 sec
[bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
[BWTIncCreate] textLength=9279350, availableWord=11788200
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 5 iterations.
BWTSaveBwtCodeAndOcc(): Cannot open BWT code file!

というエラーが出てしまったので困っていた。
https://github.com/lh3/bwa/blob/master/bwt_gen.c
ここを見るまでもなくbwtファイルが開けないというたぐいのエラーであるよう。

よく考えなおすとindexなしでaliginしようとしたとき「bwtファイルが見つかりませんよ！」というエラーを受けて、適当に空ファイルで.bwtファイルを作ってしまっていた。それを削除したら普通に動いた。多分suでログインしていたから他のユーザにpermissionのないファイルを作ってしまっていたのだろう。やっぱりsuで作業するのよくないよ。