2012-03-02から1日間の記事一覧
さてリードが一つもmapされないという謎の状態に苦しんでいたのであるが、帰宅して手元のmacで試したら何の問題もなかった。 $ bwa index -a bwtsw ~/bi/genome/NC_000913.fna [bwa_index] Pack FASTA... 0.21 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed…
$ bwa samse /home/genome/NC_000913.fna SRR022885.sai ../SRR022885.200k.fastq > out.sam [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). [main] Version: 0.6.1-r104 [main] CMD: bwa samse /home/genome/NC_000913.fna SRR022…
$ bwa samse /home/genome/NC_000913.fna SRR022885.sai ../SRR022885.200k.fastq > SRR022885.sam <b>[bns_restore_core] fail to open file '/home/genome/NC_000913.fna.nt.ann'. Abort! </b>アボートしました (コアダンプ) となるので諸々試行錯誤。".nt"なる拡…
$ bwa index -a bwtsw /home/genome/NC_000913.fna [bwa_index] Pack FASTA... 0.05 sec [bwa_index] Construct BWT for the packed sequence... [BWTIncCreate] textLength=9279350, availableWord=11788200 [bwt_gen] Finished constructing BWT in 5 iter…
